朱国治向吴三桂传达朝廷同意撤藩所用钱粮额度奏折，吴三桂交出平西大印，并称履约撤藩日期。吴三桂去信吴应熊，叫他离京回滇。吴应熊决定暂不离京，以麻痹康熙，并与杨起隆相见，捐钱资助杨起隆起事。云南奏折到京，称撤藩日期已定，康熙大悦，向孝庄皇太后报喜。黄敬向康熙吹说烟花之处明月楼如何香艳，康熙微服前往，魏东亭在近处侍卫。鸨母叫来头牌名妓紫云给康熙翩翩起舞，颇吸引康熙。周培公宫廷内遍寻康熙不着，万分着急，率兵来到街上，碰到太监小毛子，得知康熙在明月楼。康熙对紫云颇有好感。吴应熊向杨起隆点明应谋杀康熙，杨起隆称在康熙身边安插了许多密探太监，并说可以利用自己的妹妹紫云谋杀康熙。

　　康熙怀疑宫内有杨起隆乱党卧底，因此故意鞭责太监小毛子，让他混入乱党卧底。吴三桂兵力对准朱国治，封锁关隘，准备起事。朱国治请钦差大臣速赴京城向康熙报告吴三桂起兵一事，自己拒绝逃逸离滇。钦差大臣装成跑马帮的，潜出云南。朱国治在家中与夫人商谈后事，表明为国慨然赴死决心。朱国治夫人自缢殉节，朱国治又杀死一对儿女，直闯吴三桂兵营，怒斥吴三桂，被血刃祭旗。吴三桂正式起兵反清，杨起隆在北方遥相策应。康熙又与被另外安置的紫云相会。在杨起隆处卧底成功的太监小毛子火速回报，说紫云要毒害康熙。

　　魏东亭紧急来到明月楼，紫云已在康熙怀里死了。小毛子报吴三桂已经反叛，康熙不信，并令其拿着他的信物去告诉杨起隆，说康熙已被毒死。赴滇钦差大臣来报，吴三桂已反，康熙大惊失色。周培公提议京城紧急戒严，以防杨起隆攻打朝廷。康熙给王辅臣下旨，令他领兵反叛，王辅臣却按兵不动，静待时局变化。周培公给康熙具体分析三藩详情，并认为王辅臣违旨，乃是观望战局发展，若吴三桂胜，则攻打朝廷，反之则挥戈南击吴三桂。朝廷将士目前战势不顺，屡被吴三桂击败。康熙自觉削藩操之过急。索额图前来进献平叛之策，说要用明珠、周培公的人头去安抚吴三桂，康熙怒斥。赫舍里难产，生下了一个龙子，康熙立他为太子，赫舍里含笑而死。

　　小毛子从牢狱逃脱。孝庄皇太后厉责康熙，要他振作起来，杨起隆乱党闯入宫内，宫内太监造反，与朝廷将士激战，威胁康熙与孝庄皇太后的安全。索额图请求康熙与孝庄皇太后暂避，孝庄皇太后临危不乱，声称平三藩是她的旨意，康熙只是遵旨行事，只要君臣同心，清廷必将永远不败。朝廷官兵与杨起隆乱党展开激战，乱党不敌，杨起隆欲自尽，被下属劝阻逃走。吴应熊被押到孝庄皇太后处，孝庄说他有罪但没有错。索额图收留一孤女，给她取名红玉，藏匿家中。

　　周培公与副将图海率军势如破竹，很快灭了察哈尔王叛军。解除朝廷危机后，又挥师西南直逼吴三桂叛军。羁留京中的王辅臣儿子王吉贞，带着康熙亲笔御信，火速面见王辅臣。康熙在信中恩威并施，并表明必胜吴三桂的信心，但王辅臣仍持观望态度。原先以为王吉贞被朝廷大炮轰死的王辅臣，见儿子平安归来，终于投向朝廷阵营。康熙见王辅臣归顺大喜，但明珠提出应节制周培公。周培公率军南下，吴三桂屡遭重创。吴三桂登基称皇，企图鼓舞士气。京城来旨，调周培公回京，把最后取胜吴三桂的机遇让给图海。经过五年奋战，康熙终于平定“三藩”。

　　康熙接到福建军情危急汇报，心中十分忧虑。康熙与病危的周培公相见。康熙向周培公坦言把他贬到盛京缘由，并说这次出巡的目的之一是为了安抚蒙古各族首领，同时，想重用周培公攻打台湾。周培公称病重，向康熙推荐了姚启圣。康熙御览周培公积十年之功绘就的中华全图，十分激动。周培公向康熙陈述葛尔丹之隐患，不久离开人世，康熙为周培公亡灵守夜。朝政之上，康熙要求商议台湾问题，群臣意见分歧，索额图陈述姚启圣官越做越小的原因。康熙派太监寻找姚启圣。姚启圣与太监发生争执受辱，而又依理鞭打太监。