卵巢巧克力囊肿的治疗方法不仅仅只有一种，根据卵巢巧克力囊肿的大小会有不同的治疗方法。那么卵巢巧克力囊肿是怎么治疗的呢？

一般医生会建议对初步诊断为卵巢巧克力囊肿的病人进行腹腔镜检查，主要是在腹腔镜的辅助下对盆腔进行窥视，能够精确的找到子宫内膜异位的位置以及病因，并且对其进行精确的诊断。

对有生育要求的年轻女性，囊肿小于5厘米一般采取药物治疗，并定期随访检查；若囊肿较大或症状较重，其直径达到或超过5厘米者，建议手术治疗，此时手术多采用巧克力囊肿剥除术，从而最大限度地保留正常的卵巢组织，传统剖腹手术或腹腔镜手术都能达到治疗目的；部分患者附件粘连严重或囊肿过大，难以剥除的，可以考虑行患侧卵巢切除术，以保留正常生育功能为宗旨。

因此，卵巢巧克力囊肿怎么治疗是根据患者的囊肿大小来确定的。